Повествование Вертера начинается с письма, написанного его другу Вильгельму. В нем Вертер описывает, как он счастлив в маленьком, безымянном городке, где недавно обосновался. Считая город неприятным, Вертер восхищается сельской местностью. Он признает, что пренебрег учебой и книги стали казаться ему недостаточными по сравнению с окружающей его красотой. В следующем письме Вертер просит Вильгельма не присылать из дома книги, о которых он просил.
Очарованный красотой нового дома, Вертер чувствует себя непринужденно среди горожан. Он выражает сожаление по поводу того, как люди его социального положения смотрят на крестьянскую жизнь свысока, и рисует для Вильгельма портрет почти первозданного образа жизни. В следующем письме он открыто признает, что крестьянская жизнь выше его собственной.
Несколько дней спустя Вертер натыкается на город Вальхайм, примерно в часе езды от своего дома. Город нравится ему больше, чем тот, в котором он сейчас живет. В Вальхайме есть постоялый двор, где Вертер может спокойно почитать и выпить кофе, а неподалеку — сельские пейзажи, которые он может рисовать. Затем Вертер замолкает на две недели.
В следующем письме к Вильгельму он признается, что не смог написать, потому что встретил девушку по имени Лотта, которую он называет “само совершенство”. Вертер рассказывает Вильгельму, как познакомился с Лоттой. Тетя Лотты предупредила его, что он не должен влюбляться в Лотту, так как она помолвлена с Альбертом. Вертер игнорирует этот совет и мгновенно влюбляется.
Далее следует вихрь писем к Вильгельму, в которых подчеркивается растущая влюбленность Вертера в Лотту и, в конечном счете, любовь к ней. Когда Альберт, жених Лотты, уезжает из города по делам, Вертер не отпускает девушку ни на шаг. Он начинает ревновать Лотту. Ревность Вертера перерастает в кризис, о чем свидетельствуют его письма Вильгельму, которые становятся все короче и рассеяннее.
Когда Альберт наконец возвращается, Вертер находит его человеком, достойным большого уважения, и хвалит Альберта за его отношение к Лотте. Вертер решает отказаться от погони за Лоттой и держаться подальше от Вальхайма. Но он остается и заводит дружбу с Альбертом. Новые друзья долго и страстно спорят о нравственности самоубийства. Вертер утверждает, что самоубийство является приемлемым вариантом для некоторых людей. Это заявление шокирует и тревожит Альберта.
В последующие месяцы письма Вертера становятся все длиннее и драматичнее. Он погружается в жалость к себе, в мысли о смерти и боли, без конца жалуется Вильгельму на свою глупость и беспомощность. Наконец, дискуссия о матери Лотты и ее безвременной кончине так потрясает Вертера, что он решает последовать предложению Вильгельма бежать из Вальхайма и найти работу при дворе посла.
Хотя у Вертера и есть некоторые проблемы с ростом карьеры, он находит эту работу терпимой. С послом трудно работать, но Вертер все же находит друга в графе С. и немного отвлекся от прежних переживаний. Неожиданно он снова вспоминает о Лотте, мания любви восстанавливается, и работа становится невыносимой. Он снова хочет бежать в Вальхайм, и это желание усиливается после того, как Альберт сообщил ему, что они с Лоттой наконец поженились.
После того, как Вертер унижен на вечеринке благородными друзьями графа, которые считают его слишком низкородным, Вертер уходит с работы. Некоторое время он путешествует, но в конце концов возвращается в Вальхайм. Однажды Вертер встречает человека по имени Генрих, который оказывается совершенно сумасшедшим. Вертер сообщает, что Генрих сошел с ума из-за безответной любви к Лотте. Мания его собственных писем приближается к безумию. Альберт призывает Лотту отказаться от встреч с Вертером, но Лотта не оставляет Вертера, а пытается сократить время их встреч.
Во время последнего визита Вертер читает собственные переводы Оссиана, они с Лоттой оплакивают красоту этой истории и свою разрушенную дружбу. Когда Вертер целует Лотту, чары рассеиваются, и она изгоняет его из дома. Он бежит, решив покончить с собой. Написав Лотте письмо, которое должно быть доставлено после его смерти, он готовится к самоубийству, позаимствовав пистолеты Альберта. Он застрелился той же ночью и умер от ран на следующий день. Роман заканчивается знаковой строкой: «Ни один священник не посещал его.”
Читательский дневник.