История написания произведения была рассказана самим автором одном из его очерков. О работе над ним упоминается также в его дневнике.
О появлении замысла написать подобную историю рассказал сам автор в одном из очерков. В 1915 году, летом, проходя мимо книжного магазина, Бунин увидел в витрине книгу Томаса Манна «Смерть в Венеции». Однако сюжет «Господина из Сан-Франциско» был придуман писателем несколько позже. Осенью, находясь в имении своей двоюродной сестры, он вспомнил внезапную смерть некого американца, постигшую того в гостинице на острове Капри, где он жил Бунин.
Бунин признавался, что не знает, что именно побудило его изложить историю об этом, но он принял решение написать «Смерть на Капри». Обладая свободным временем, писатель потратил четыре дня на создание произведения. Шли теплые ясные и спокойные осенние дни, он тратил время на несерьезные охотничьи забавы, отстреливая голубей, и написание рассказа.
Однако исследователи творчества Бунина отмечают, что работа над «Господином из Сан-Франциско» потребовала больших усилий писателя и шла очень напряженно. Вероятно, охота на голубей была способом отвлечься и привести свои мысли в порядок, так как тема рассказа очень занимала писателя.
Согласно сохранившимся черновикам, он стремился придать произведение большую выразительность и сжатость. Кроме того, писатель намеренно вычеркивал все, что могло быть воспринято плоским и назидательным. Он также избавлялся от иностранных слов, литературных штампов и придающих вычурность эпитетов. Бунин не хотел, чтобы рассказ носил назидательный характер.
Несмотря на умиротворяющую обстановку в осеннем имении, создание рассказа было также и эмоционально окрашено, Бунина взволновала история внезапной смерти, описанная им. По воспоминаниям о своей литературной деятельности, опубликованным писателям произведение создавалось в необычной для него манере. Он признавался, что плакал, заканчивая рассказ, хотя обычно он работал над создаваемыми им литературными текстами быстро и сохраняя обычное расположение духа. Об этом же говорят и дневниковые записи писателя.
В процессе создания произведения Бунин многое изменил, по сравнению со своим первоначальным замыслом. Ряд деталей, которыми наполнен рассказ, были, по его собственному признанию, писателем вымышлены. Он реальной истории о смерти в отеле «Квинсана» на Капри остался только сам факт скоропостижной кончины американца. Все остальное было создано переживаниями и представлениями самого Бунина.
Писатель хотел сказать о бренности бытия и ненадежности ценностей, которым служат люди, в частности, о богатстве. Примечательно, что первоначально рассказ вышел с эпиграфом из Библии, знаменитой фразой, предвещающей горе Вавилону (который в Священном Писании является символом материального преуспевания). Однако Бунин, вымарывавший из рукописи устоявшиеся штампы и морализаторство, видимо, посчитал это слишком явным намеком и произведение было переиздано без эпиграфа.