Я считаю, что противоречие, конечно, есть. И оно сохранилось даже в нашу эпоху, хотя и немного изменилось.
Кстати, писатели часто называют свои произведения так, чтобы они запоминались. Вот почему часто на противоречии строится название, например, «Живой труп». Тут понятней немного. В случае с «мертвыми душами» название для нас странно, так как душа – это что-то или живое, или даже ни живое, ни мертвое, в смысле – вечное.
Во времена Гоголя «душами» ещё считали крепостных. То есть, к примеру, у тебя три человека крепостных (кухарка, дворецкий и нянька), то запишешь, мол, три души. Конечно, живых. Это в английском всё « телами» считают. У русских другой взгляд на мир.
Ещё есть выражение о ни одной живой тоже душе.
Итак, противоречие точно есть в этом название, что хорошо.